Centrum Medycyny Doświadczalnej posiada dwie sale operacyjne, do których zwierzęta przeznaczone do zabiegów przenoszone są przez okno podawcze z bariery eksperymentalnej. Powrót tych zwierząt - jeżeli jest to przewidziane w doświadczeniu odbywa się tą samą drogą. Jest to jedyny przypadek ponownego powrotu zwierząt za barierę eksperymentalną. Sale operacyjne wyposażone są w system do anestezji zwierząt oraz system do rekonwalescencji zwierząt po zabiegach.