Uniwersytet Medyczny w Białymstoku. Laboratorium Metabolomiki i Proteomiki Centrum Badań Klinicznych UMB.
    • Ostatnia zmiana 16.05.2024 przez Administrator UMB

      Laboratorium Metabolomiki i Proteomiki Centrum Badań Klinicznych UMB

      Laboratorium Metabolomiki i Proteomiki, które jest częścią Centrum Badań Klinicznych Uniwersytetu Medycznego w Białymstoku, specjalizuje się w analizach metabolomicznych i proteomicznych wykorzystywanych w badaniach medycznych, m.in. dotyczących medycyny spersonalizowanej.

       

      W Laboratorium prowadzone są celowane i niecelowane badania metabolomiczne (w tym lipidomiczne) i badania proteomiczne. Działalność badawcza Laboratorium prowadzona jest głównie w obszarze badań medycznych, a w szczególności ukierunkowana jest na poznanie i zrozumienie przemian biochemicznych związanych z rozwojem chorób.

      Dzięki temu możliwe jest wskazanie nowych biomarkerów chorób pozwalających na poprawę diagnostyki, monitorowanie postępu choroby czy ocenę skuteczności leczenia. Zespół Laboratorium Metabolomiki i Proteomiki ma wieloletnie doświadczenie w pracy z różnorodnym materiałem biologicznym, m.in. z osoczem, surowicą, moczem, różnego rodzaju tkankami czy komórkami. Ponadto, oprócz analiz standardowego materiału, zespół pod kierunkiem prof. dr hab. Michała Ciborowskiego opracowuje i waliduje metody do oznaczania metabolitów w dowolnym materiale biologicznym, np. płynie owodniowym, czy też płynie komorowym lub ciele szklistym oka.

      Aby uzyskać jak największe pokrycie metabolomu w laboratorium stosowane są różne techniki separacyjne. Takie podejście pozwala na zdobycie szerszej wiedzy odnośnie badanych problemów biomedycznych.

      Laboratorium Metabolomiki i Proteomiki UMB oferuje kompleksowe podejście, obejmujące nie tylko pomiar metabolitów w dostarczonych próbkach biologicznych, ale także analizę uzyskanych danych, w tym analizy statystyczne, identyfikację metabolitów oraz analizę szlaków metabolicznych. Ponadto, w skład grupy wchodzą bioinformatycy, którzy tworzą na jej potrzeby dedykowane narzędzia bioinformatyczne ułatwiające analizę danych.

      Laboratorium współpracuje z innymi jednostkami zarówno krajowymi jak i zagranicznymi, wśród których wymienić można Uniwersytet Medyczny w Łodzi, Gdański Uniwersytet Medyczny, Politechnikę Wrocławską, Centrum Metabolomiki i Bioanaliz (CEMBIO) Uniwersytetu San Pablo CEU w Madrycie, Laboratorium Integracyjnego Fenotypowania Molekularnego w Karolinska Institutet w Sztokholmie, czy też Hiszpańskie Narodowe Centrum Badania Chorób Układu Krążenia CNIC w Madrycie.

      Współpraca odbywa się również poprzez działalność Polskiego Towarzystwa Metabolomicznego, w którego władzach znajdują się pracownicy Laboratorium. Te działania pozwalają na nawiązywanie nowych kooperacji naukowych oraz na ciągłą wymianę doświadczeń i transfer wiedzy z innymi badaczami z kraju i zagranicy, co z kolei przyczynia się do podnoszenia kwalifikacji. Warto również wspomnieć, że dwóch członków zespołu (dr Joanna Godzień i dr Michał Burdukiewicz) otrzymało prestiżowe stypendia Ministra Edukacji i Nauki dla wybitnych młodych naukowców.

      Laboratorium Metabolomiki i Proteomiki UMB wyposażone jest w wysokorozdzielcze spektrometry mas, takie jak QTOF, które wykorzystywane są do niecelowych analiz metabolomicznych i proteomicznych. Ponadto laboratorium posiada unikalny na skalę krajową system RapidFire, umożliwiający wysokoprzepustową (10 próbek/min.), symultaniczną analizę pojedynczych metabolitów.

       

      Niecelowane analizy metabolomiczne

      Laboratorium wyposażone jest w dwa aparaty LC-QTOF-MS służące do niecelowanych analiz metabolomicznych, tzw. metaboliczny odcisk palca. Wykonywane są niecelowane analizy porównawcze metabolitów dla następujących próbek biologicznych: osocze/surowica, mocz, płyn owodniowy, płyn mózgowo – rdzeniowy, komórki PBMC, neutrofile, kondensat wydychanego powietrza, tkanki (płuco, mózg), płyn komorowy i ciało szkliste oka.

       

      Ilościowy pomiar metabolitów

      W Laboratorium Metabolomiki i Proteomiki CBK, w zależności od zapotrzebowania, opracowywane są metody analityczne do ilościowego oznaczania konkretnych metabolitów, adoptowane są także metody opisane w literaturze specjalistycznej. Ponadto wykorzystywane są komercyjne rozwiązania do ilościowego oznaczania metabolitów.

       

      Laboratorium posiada certyfikat firmy Biocrates, który zaświadcza, że wykonywane w laboratorium analizy ilościowe metabolitów, przy wykorzystaniu zestawów wspomnianej firmy, spełniają odpowiednie kryteria jakości. W laboratorium wykonywane są oznaczenia z wykorzystaniem następujących zestawów: MxP® Quant 500 XL, MxP® Quant 500, AbsoluteIDQ® p180 oraz AbsoluteIDQ® Bile Acids. Największy z nich, Quant 500XL, umożliwia pomiar ponad 1000 metabolitów należących do 39 różnych klas biochemicznych. Oferowane zestawy zostały zwalidowane pod kątem pomiaru metabolitów w osoczu czy surowicy, ale przystosowano je także do próbek moczu, tkanek czy komórek. 

       

      Osoby zainteresowane wykorzystaniem w swoich badaniach zestawów do celowanej metabolomiki mogą skontaktować się z kierownikiem Laboratorium Metabolomiki i Proteomiki CBK.

       

      Analizy proteomiczne

      Laboratorium Metabolomiki i Proteomiki UMB wykonuje:

      • Analizy jakościowe i półilościowe z różnych materiałów biologicznych (osocze, tkanki, hodowle komórkowe, izolaty itd.),
      • Analizy porównawcze w trybie bez znakowania, wykorzystujące znakowanie izobaryczne,
      • Identyfikacje modyfikacji potranslacyjnych;
      • Dodatkowe metody wzbogacania próbki np. izolację fosforylowanych peptydów,
      • Deplecję białek osocza,
      • Dodatkowe frakcjonowanie w trybie off-line,
      • Odsalanie i oczyszczanie próbek;
      • Analizę bioinformatyczną i funkcjonalną uzyskanych wyników wraz z ich interpretacją biologiczną.

      Logo Centrum Metabolomiki UMB

      Multi-dyscyplinarny zespół badawczy Laboratorium Metabolomiki i Proteomiki UMB tworzy blisko 20 ekspertów (chemików, biologów, biostatystyków, matematyków)  

      • Prof. dr hab. Michał Ciborowski (kierownik)
      • dr Michał Burdukiewicz
      • dr Jarosław Chilimoniuk
      • dr Dominik Cysewski
      • dr Joanna Godzień
      • dr Tomasz Kowalczyk
      • dr Katarzyna Miniewska
      • dr Ewa Paszkowska
      • dr Karolina Pietrowska
      • mgr Adrian Godlewski
      • mgr Wioleta Gosk
      • mgr Krystyna Grzesiak
      • mgr Dariusz Kiejza
      • mgr Paulina Klimaszewska
      • mgr Patrycja Mojsak
      • mgr Tomasz Pieńkowski
      • mgr Julia Siemińska
      • mgr Arkadiusz Żbikowski

       

      Osoba do kontaktu:

      prof. dr hab. Michał Ciborowski
      email: michal.ciborowski@umb.edu.pl
      tel: +48 85 831 8151