Głównym celem Muzeum jest pokazanie regionalnej historii medycyny i farmacji na tle przemian ogólnokrajowych i ogólnoświatowych. Dbamy o to aby gromadzone muzealia pochodziły z terenu województwa białostockiego w jego historycznych, międzywojennych granicach.
Jedna z ekspozycji muzealnych poświęcona jest dawnemu aptekarstwu z terenu Podlasia z przełomu XIX i XX wieku. Wśród zgromadzonych muzealiów możemy znaleźć naczynia i narzędzia do wytwarzania surowców i leków, oryginalne meble apteczne, leki wytwarzane przez polskie i zagraniczne fabryki i laboratoria chemiczno-farmaceutyczne. Najstarsze eksponaty pochodzą z XVIII wieku. Zostały pozyskane z wielu aptek działających na terenie województwa podlaskiego w latach 60-tych XX wieku przez członków Białostockiego Oddziału Polskiego Towarzystwa Farmaceutycznego. W większości zabytki te są depozytem.
W Muzeum zostały zaprezentowane również eksponaty związane z historią medycyny. Wśród nich należy wymienić: wyposażenie gabinetu stomatologicznego z przełomu XIX i XX wieku, szpitala polowego, gabinetu lekarskiego z początku XX wieku. Wszystkie muzealia stanowią historyczne świadectwo funkcjonowania lecznictwa na obszarze dawnego Pogranicza Korony Polskiej i Wielkiego Księstwa Litewskiego. Pochodzą ze szpitali, które wpisały się w historyczne karty naszego województwa, m.in. z Wojewódzkiego Szpitala Specjalistycznego, Uniwersyteckiego Szpitala Klinicznego, Uniwersyteckiego Dziecięcego Szpitala Klinicznego, Szpitala Psychiatrycznego w Choroszczy.
Niezwykle cenne eksponaty stanowią pamiątki rodzinne związane z działającymi na tym terenie lekarzami, stomatologami, aptekarzami. Przykładem jest otrzymany w darze od Prof. Jana Stasiewicza młoteczek neurologiczny należący do prof. Zygmunta Kanigowskiego, używany przez niego podczas pracy w Klinice Neurologii USB w Wilnie oraz w Ośrodku Badania Mózgu.
