Dzięki kwarantannie, naukowcy mają możliwość sprowadzania do Centrum innych zwierząt z renomowanych ośrodków hodowlanych, znajdujących się zarówno na terenie Polski jak i po za jej granicami. Umożliwia to przeprowadzanie badań na innych modelach zwierzęcych niż te, które są hodowane w Centrum Medycyny Doświadczalnej. Daje to większe możliwości rozwojowe naukowcom.
W celu zachowania bezpieczeństwa higienicznego, kwarantanna posiada oddzielne wejście z zewnątrz budynku, wyposażone w kurtynę powietrzną. W skład kwarantanny wchodzą 3 pokoje klimatyzowane, które odpowiadają warunkom panującym na barierze hodowlanej i eksperymentalnej. Pokoje wyposażone są w system indywidualnie wentylowanych klatek (IVC) oraz komorę laminarną do wymiany klatek. Sprzęt dostarczany jest na kwarantannę przez oddzielny 400 l autoklaw, śluzę towarową oraz okienko podawcze.
Odbiór zwierząt od dostawcy odbywa się w obecności lekarza weterynarii lub osoby wyznaczonej, posiadajacej odpowiednie doświadczenie i kompetencje. Zwierzęta sprowadzone do ośrodka przebywają min 5 dni na obserwacji w trakcie ich kwarantanny. Zwierzęta w okresie kwarantanny obserwowane są codziennie. Datę zakończenia kwarantanny wyznacza lekarz weterynarii lub osoba go zastępujaca kwalifikując zwierzeta zgodnie z ich przeznaczeniem ( procedury doświadczalne, hodowla).