W początkowym okresie wyposażenie Zakładu było bardzo skromne i pochodziło z powojennych reparacji niemieckich (aparatura optyczna Zeiss) oraz z ZSRR; były to głównie dwuwiązkowe kolorymetry do pomiarów absorbancji. W tym czasie zaczęła się krystalizować wprowadzona przez lek. J. Popowicza tematyka badawcza Zakładu, skoncentrowana na badaniu obecności aminoheksoz w tkankach zwierzęcych. W rezultacie w latach 1955-1970 wykonano i opublikowano szereg prac dotyczących zawartości aminoheksoz w różnych tkankach ssaków a uzyskane wyniki stanowiły podstawę do uzyskiwania stopni naukowych przez pracowników Zakładu. Do istotnych osiągnięć Zakładu należy zaliczyć opracowanie kilku metod służących różnicowaniu izomerycznych aminoheksoz  oraz scharakteryzowanie metabolitów aminoheksoz w ekstraktach z tkanek. Przebadano także i oczyszczono szereg enzymów metabolizujacych aminoheksozy.

Zainteresowanie prof. Popowicza analityką lekarską zaowocowało zorganizowaniem na skalę ogólnopolską kursów analizy instrumentalnej, które prowadzono w Zakładzie przez kilka kolejnych lat.

Podjęto się także działalności usługowej polegającej na oznaczaniu zawartości alkoholu we krwi nietrzeźwych kierowców z terenu Białegostoku i okolic. Profesor Popowicz był także współorganizatorem Szkoły Laborantów Medycznych, kształcącej techników zatrudnianych w laboratoriach Uczelni. Z udziałem profesora powstał w latach 60-tych  studencki chór akademicki.

Po odejściu prof. J. Popowicza w 1970 roku do Olsztyna, kierowanie Zakładem przejął doc. Kazimierz Jaroszewicz, specjalizujący się w badaniach fosforanów mononukleotydów. Wraz z nim Zakładowi przybyła nowa aparatura badawcza, po części pochodząca z NRD,  a nowy kierownik zaakceptował dotychczasowa tematykę naukową pracowników Zakładu. Docent  Jaroszewicz był inicjatorem gruntownej przebudowy Zakładu z wyraźnym podziałem na część naukową i dydaktyczną. 

Po odejściu doc. Jaroszewicza w 1973 roku  kierownictwo Zakładu przejął doc. (dr hab.) Władysław Gałasiński, dotychczasowy adiunkt w Zakładzie Biochemii AMB, zainteresowany i przeszkolony w USA w zakresie biosyntezy białka. Tematyka biosyntezy białka była w centrum zainteresowania Polskiej Akademii Nauk i nowy kierownik uzyskał istotne wsparcie naukowe i aparaturowe. Główną tematykę Zakładu stanowiła biosynteza białka w przeszczepialnym, zwierzęcym nabłoniaku Guerin oraz poszukiwania naturalnych związków hamujących biosyntezę białka, nasiloną w tkankach nowotworowych. Tematyka ta była przedmiotem kilku rozpraw doktorskich asystentów Zakładu.  W latach 1972–1974 dwóch pracowników Zakładu zajmujących się glikoproteinami (glikokonjugatami) odbyło roczny staż naukowy w USA. Doc. Gałasiński napisał skrypt wykładowy z chemii ogólnej oraz z asystentami przeredagował dotychczasowy skrypt ćwiczeniowy. Przez szereg lat skrypty te były drukowane i wydawane przez  Dział Wydawniczy Uczelni i stanowiły podstawę nauczania przedmiotu.  Z inicjatywy doc. Gałasińskiego przeprowadzono w Zakładzie kolejny remont.

W 1977 roku w Uczelni otwarto Wydział Farmaceutyczny z oddziałem Analityki Medycznej i doc. Gałasiński, farmaceuta z wykształcenia,  z entuzjazmem włączył się do tworzenia nowego Wydziału. Jako pierwszy dziekan Wydziału powoływał zakłady prowadzące dydaktykę na pierwszych latach Wydziału, dzieląc, z braku innych możliwości, teren Zakładu Chemii Ogólnej na poszczególne zakłady i przenosząc część  personelu Zakładu do nowych jednostek. Celem utrzymania na nowym Wydziale odpowiedniej liczby kadry nauczającej, Zakład Chemii Ogólnej, mimo że całość nauczania prowadził na Wydziale Lekarskim, został włączony do struktury Wydziału Farmaceutycznego. Kilka lat później Zakład otrzymał nową nazwę Zakładu Chemii Medycznej. Na początku lat 80-tych doc. Gałsiński otrzymał tytuł naukowy profesora (1982), a dwóch pracowników Zakładu uzyskało stopień naukowy doktora habilitowanego z tematyki związanej z glikoproteinami,.

Na terenie dawnego Zakładu Chemii Ogólnej znajdowały się Zakład Chemii Medycznej, Zakład Chemii Organicznej i Zakład Biochemii Farmaceutycznej, scalone na wspólnym terenie w formie Instytutu Chemii, później  Katedry Chemii Medycznej. Za swoje zasługi na polu naukowym i trud organizacyjny poniesiony na rzecz tworzenia nowego Wydziału, w 2006 roku prof. Gałasiński otrzymał tytuł doktora HC Akademii Medycznej w Białymstoku.

W 1992 roku, po odejściu prof. Gałasińskiego na emeryturę, kierownikiem Zakładu został dr hab. Andrzej Gindzieński (tytuł profesora 1998). W Zakładzie kontynuowano dotychczasowa tematykę naukową, natomiast z powodu trwających cały czas zmian organizacyjnych w nauczaniu chemii na krajowych wydziałach medycznych i w Uczelni,  personel nauczający skurczył się do 7 osób. Tematyka naukowa ewoluowała w kierunku badania struktury i funkcji mucyn wydzielniczych i mucyn błon komórkowych, podjęto także badania mechanizmu inicjacji O-glikozylacji glikoprotein oraz badania struktury i funkcji proteoglikanów. Trzech asystentów Zakładu uzyskało stopień naukowy doktora a dwie osoby stopień doktora habilitowanego. W latach 1994-96 jeden z

pracowników Zakładu odbył w National Institute of Health  (USA) staż naukowy w zakresie biologii molekularnej, poświęcony badaniu wrodzonych defektów genetycznych tkanki łącznej. Jako wynik kontynuacji prac prowadzonych w NIH opublikowano serię prac naukowych poświęconych temu zagadnieniu. Uzyskanie przez Zakład pracownika o wysokich kwalifikacjach z zakresu biologii molekularnej pozwoliło na rozpoczęcie  w roku akademickim 2003/2004  zajęć praktycznych z tego przedmiotu dla studentów Wydziału Farmaceutycznego.  

W roku 2004 w Uczelni powołano na Wydziale Lekarskim English Division, rozpoczynając tym samym nauczanie medycyny w języku angielskim. Z inicjatywy i z udziałem kierownika Zakładu przygotowano skrypty ćwiczeniowe do nauczania chemii w języku angielskim oraz pełny cykl wykładów z chemii w tym języku. Przez cały okres nauczania w języku angielskim, materiały dydaktyczne podlegały nieustannemu doskonaleniu pod względem językowym i dydaktycznym. Dla anglojęzycznych studentów nie posiadających wystarczających podstaw z chemii opracowano cykl zajęć o charakterze seminaryjno-wykładowym, który przeprowadzany jest corocznie.

W 2008 roku Zakład przeszedł kolejną restrukturyzację polegającą na zmniejszeniu powierzchni naukowo-dydaktycznej Zakładu na rzecz Wydziału Farmaceutycznego i zmniejszenia liczby godzin zajęć z chemii. Z dniem 30 września 2008 prof. Gindzieński przeszedł na emeryturę i kierownikiem Zakładu został dotychczasowy adiunkt Zakładu dr hab. Halina Porowska-Gabryel.