SYNTETYCZNY OPIS OSIĄGNIĘĆ PRAKTYCZNYCH W PROJEKCIE MOBIT
Głównym celem projektu MOBIT było stworzenie nowatorskiego modelu diagnostyki personalizowanej guzów nowotworowych w oparciu o innowacyjny system biobankowania materiału biologicznego oraz wielkoskalowe analizy omiczne pacjentów z najczęstszymi nowotworami złośliwymi. Na przykładzie pacjentów z rakiem płuc została przeprowadzona zintegrowana analiza biomarkerów genomowych, transkryptomu, proteomu i metabolomu oraz obrazowych badań molekularnych jako narzędzi do wdrażania i monitorowania terapii indywidualizowanej. Konsorcjum do realizacji projektu powołało zespoły ekspercie oraz wykorzystało know-how w zakresie innowacyjnego systemu biobankowania, wysokowydajnych metod molekularnych, integracji i analizy danych wielkoskalowych. Rezultatem fazy rozwojowej projektu jest opracowany referencyjny model diagnostyki personalizowanej guzów nowotworowych oraz stworzone komercyjnej usługi ONCOSup- platformy diagnostycznej oraz usługi SmartBioBase - unikalne oprogramowania dla platformy gromadzenia, integracji i analizy danych omicznych i klinicznych w celu wykorzystania do wdrażania terapii indywidualizowanej.
W toku realizacji projektu MOBIT utworzono unikatowy Biobank, służący do gromadzenia i zabezpieczania materiału biologicznego zgodnie ze ściśle określonymi rygorystycznymi Standardowymi Procedurami Operacyjnymi. Zintegrowany system zarządzania jakością Biobanku zapewnia najwyższą jakość oraz powtarzalność gromadzonego materiału. Zdeponowany w Biobanku materiał biologiczny był podstawą do przeprowadzenia wielkoskalowych analiz genomicznych, transkryptomicznych, proteomicznych oraz metabolomicznych. Biobank pracuje w oparciu o elektroniczną bazę danych zintegrowaną z platformą SmartBioBase.
System informatyczny SmartBioBase jest jednym z kluczowych produktów projektu, umożliwiający gromadzenie, przetwarzanie i wnioskowanie z heterogenicznych danych klinicznych, obrazowych i omicznych (genomicznych, metabolomicznych, transkryptomicznych, proteomicznych, metylacji RRBS oraz microRNA).
W ramach komercjalizacji wyników projektu przygotowano i zatwierdzono dwa produkty usługi ONCOSup: ONCOSup Diagnostyka oraz ONCOSup Analityka. Produkt ONCOSup Diagnostyka został podzielony na dwie platformy diagnostyczne, w tym: ONCOSup Diagnostyka NGS oraz ONCOSup Diagnostyka microRNA.
ONCOSup Diagnostyka NGS jest komercjalizowana w dwóch usługach:
1: NGS_Lung_Cancer_DNA - usługa ukierunkowana na wykrywanie mutacji na poziomie DNA (w skład panelu wchodzi badanie 31 genów: AKT1, ALK, BRAF, CCND1, CTNNB1, DDR2, EGFR, EIF1AX, ERBB2 (HER2), FGFR1, FGFR2, FGFR3, GNAS, HRAS, IDH1, IDH2, KIT, KRAS, MAP2K1, MDM2, MET, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, RET, ROS1, STK11, TERT, TP53, TSHR.).
2: NGS_Lung_Cancer_RNA - usługa ukierunkowana na wykrywanie mutacji na poziomie RNA (panel 14 genów: ALK, BRAF, EGFR, FGFR1, FGFR2, FGFR3, KRAS, MET, NGR1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, RET, ROS1). Obie te usługi bazują na indywidualnie dostosowanej technologii sekwencjonowania następnej generacji (NGS), która na potrzeby usługi została odpowiednio zoptymalizowana i scertyfikowana (europejskie certyfikaty jakości GenQA oraz ESP: technologiczne i analityczne).
Usługa ONCOSup Diagnostyka microRNA jest komercjalizowana jako sygnatura miRNA różnicująca podtypy histologiczne niedrobnokomórkowego raka płuca.
Drugi produkt ONCOSup - ONCOSup Analityka Prototyp- microRNA obejmuje dwie diagnostyczne sygnatury miRNA opracowane do zastosowania w badaniach naukowych i badań przedklinicznych w formule „use for research and pre-clinical study only”.
Ponadto opracowano i wdrożono OnkoPaszport jako dokument opisujący spersonalizowaną genomiczną charakterystykę pacjenta, pozwalającą na dobór terapii indywidualnej, zgodny z obecnymi i przyszłymi rekomendacjami leczenia raka płuca. W trakcie komercjalizacji jest również pełnowartościowy produkt w postaci platformy SmartBioBase.