Komora do rozdzielania protein gwarantuje skrócony do maksimum czas przebiegu procesu, tak że w ciągu godziny można zaprezentować cały cykl rozdziału elektroforez.
Gotowy żel w prosty sposób umieszcza się w nośniku żelu i mocuje przy pomocy uchwytu klemowego . Następnie nośnik żelu z uchwytem umieszczamy w pleksiglasowym naczyniu. Do nośnika żelu i pleksiglasowego naczynia dołączamy właściwe elektrody, podłaczamy napięcie i proces się zaczyna.
W przeciwieństwie do poziomej komory, w której cała warstwa żelu jest pokryta roztworem buforowym w komorze tej buforem są pokryte tylko dwie komory. Próbki lub standardy są pipetowane do kieszeni nośnika z pomocą mikropipety i szablonu do nakładania żeli.