W cytometrii przepływowej cząstki lub komórki są zawieszone w strumieniu cieczy i przepływają przez wiązkę światła laserowego. Detektory optyczne rejestrują rozproszone światło laserowe i fluorescencję, a elektronika mierzy i digitalizuje te emisje światła dla celów analizy z wykorzystaniem komputera. Dane dot. rozproszenia światła dostarczają podstawowych informacji na temat cząstek lub komórek, takich jak rozmiar, kształt i cechy powierzchni. W celu zbadania szerokiej gamy właściwości komórek, komórki identyfikuje się przy użyciu znaczników fluorescencyjnych, takich jak przeciwciała połączone z barwnikiem.