Jednostka powstała w 2004 roku z przekształcenia Zakładu Propedeutyki Pediatrii, który od 1973 roku funkcjonował w Akademii Medycznej w Białymstoku w strukturze Instytutu Pediatrii.

Uchwałą Senatu Akademii Medycznej z dnia 30.03.2004 roku Klinika otrzymała status samodzielnej jednostki klinicznej
i została zlokalizowana w Uniwersyteckim Dziecięcym Szpitalu Klinicznym (piętro VI) – aktualnie posiada 17 łóżkową bazę. W strukturze Kliniki znajdują się ponadto trzy poradnie specjalistyczne (parter UDSK): Poradnia Immunologiczna, Poradnia Schorzeń Metabolicznych oraz Poradnia Reumatologiczna.

W dniu 29 kwietnia 2016 roku decyzją Rektora Uniwersytetu Medycznego w Białymstoku (Zarządzenie nr 21/16) oraz Senatu Uczelni (Uchwała nr 46/2016) Klinice została nadana nowa nazwa: Klinika Pediatrii, Reumatologii, Immunologii i Chorób Metabolicznych Kości, która odzwierciedla profil działalności diagnostyczno-leczniczej, a także obszar działalności naukowej jej pracowników.

Ze względu na wielokierunkową działalność naukową i kliniczną w Klinice zatrudnieni są specjaliści z wielu dziedzin medycyny: pediatrii, reumatologii, immunologii klinicznej (Konsultant Wojewódzki), pediatrii metabolicznej, alergologii, medycyny ratunkowej i medycyny rodzinnej.
Pracownicy zespołu są we władzach oraz członkami wielu towarzystw naukowych m.in.: Polskiego Towarzystwa Pediatrycznego, Polskiego Towarzystwa Wakcynologii, Polskiego Towarzystwa Osteoporozy i Osteoartrologii, Sekcji Chorób Metabolicznych Kości Dzieci i Młodzieży przy Polskim Towarzystwie Pediatrycznym. W Klinice zatrudnieni są członkowie Polskiej Grupy Roboczej ds. Pierwotnych Niedoborów Odporności. Współpracujemy z polskimi oddziałami Jeffrey Modell Foundation.
Klinika posiada akredytację na odbywanie szkolenia specjalizacyjnego w dziedzinie pediatrii oraz realizację stażu specjalizacyjnego w dziedzinie immunologii klinicznej.

Od 2014 roku Jednostką kieruje Prof. dr hab. n. med. Jerzy Konstantynowicz.