Zakład Higieny został utworzony w 1953 roku.
Pierwszym kierownikiem Zakładu został prof. dr Kazimierz Rodziewicz.
Kolejnymi kierownikami Zakładu byli prof. dr hab. Bogdan Hofman, prof. dr hab. Tadeusz Januszko (za którego kadencji Zakład w 1993 roku zmienił nazwę na Zakład Higieny i Epidemiologii) oraz prof. dr hab. Jan Karczewski.
W 2016 roku Zakład zmienił nazwę na Zakład Higieny, Epidemiologii i Ergonomii, a funkcję kierownika pełni prof. dr hab. n. med. Małgorzata Żendzian-Piotrowska.