W czasie I wojny światowej pałac przechodził z rąk do rąk: Niemców i Rosjan, którzy urządzali w nim urzędy, postoje, a nawet szpital. Wojna odcisnęła piętno na dawnym Wersalu Branickich. Pałac został splądrowany, zabrano resztki wyposażenia, zatynkowano ściany, wydzierano nawet ramy po obrazach.
W 1918 roku Białystok przeszedł w ręce polskie. W 1919 roku specjalnie powołana komisja podzieliła gmach pałacu między instytucje państwowe: Sąd Okręgowy i Starostwo. Część pałacu oddano na mieszkanie starosty i podstarościego. Lewe skrzydło miało należeć do Ministerstwa Oświaty. Wobec tworzącego się województwa białostockiego, podjęto decyzję o ulokowaniu w pałacu Urzędu Wojewódzkiego. W ciągu kolejnych lat przystąpiono do prac restauracyjnych i budowlanych, mających na celu przystosować budynek do nowej funkcji. Według opinii specjalistów podjęta na przełomie lat 20 i 30 częściowa rekonstrukcja pałacu została jednak przeprowadzona niekonsekwentnie i ograniczyła się tylko do remontu pomieszczeń pałacowych i dokonania niewłaściwych adaptacji na pomieszczenia mieszkalno-administracyjne.