Historia Uniwersytetu Medycznego jest kontynuacją XVIII-wiecznej tradycji praktykowania medycyny oraz dbałości o zdrowie publiczne w Białymstoku. W tym czasie działała pałacowa szkoła położnych, przekształcona później w jeden z nielicznych w kraju Instytut Akuszerii, założony przez dr Jakuba Michelisa na początku XIX wieku. 
W Instytucie działała klinika, spełniająca funkcje zarówno lecznicze jak i dydaktyczne.
Oficjalnie Uczelnia została powołana w 1950 r. jako dziesiąta w Polsce Akademia Lekarska. Wkrótce zmieniono jej nazwę na Akademię Medyczną. Główną siedzibą nowo powstałej placówki stał się Pałac Branickich. Pierwszym rektorem Akademii Medycznej w Białymstoku został mianowany prof. Tadeusz Kielanowski wywodzący się ze środowiska lwowskiego. W gronie nauczycieli akademickich Uczelni znalazło się wielu przedwojennych pracowników i absolwentów uniwersytetów z Wilna, Krakowa, Lwowa, Poznania, Warszawy czy Lublina. 
Naukę na Wydziale Lekarskim rozpoczęło 168 studentów. Większość zakładów teoretycznych ulokowano w sąsiednim budynku dawnego Seminarium Nauczycielskiego – obecnie Collegium Primum. Gmachy przekazane Uczelni zostały zniszczone w 1944 roku. Po zakończeniu wojny rozpoczęto ich odbudowę. Po powołaniu AMB przy pracach budowlano-remontowych pomagali również pracownicy i studenci. Bazą kliniczną nowej Uczelni stały się funkcjonujące w mieście szpitale, ocalałe z pożogi wojennej. W 1950 roku powolano pierwsze zakłady naukowo-dydaktyczne i Klinikę Ftyzjatrii.
W 1951 r. Uczelnia uzyskała uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora nauk medycznych. W 1955 r. pierwsi absolwenci Wydziału Lekarskiego otrzymali dyplomy lekarza. Także w 1955 r. rozpoczęto wydawanie czasopisma naukowego Roczniki Akademii Medycznej w Białymstoku, które ukazują się do chwili obecnej, pod zmienionym tytułem Advances in Medical Sciences.
Pierwsze dziesięciolecie Akademii Medycznej skończyło się niemałym sukcesem - w 1960 r. po raz pierwszy troje absolwentów Wydziału Lekarskiego uzyskało stopień naukowy doktora nauk medycznych. Rok później przeprowadzono pierwsze przewody habilitacyjne. W 1962 r. oddano do użytku Państwowy Szpital Kliniczny.
Początkowo Akademia kształciła na jednym kierunku studiów – lekarskim. W 1969 r. poszerzono profil działalności Uczelni poprzez powołanie Oddziału Stomatologii. Osiem lat później powstał drugi w strukturze AMB Wydział – Farmaceutyczny z Oddziałem Analityki Medycznej (obecnie Wydział Farmaceutyczny z Oddziałem Medycyny Laboratoryjnej).
W 1987 r. w Instytucie Położnictwa i Chorób Kobiecych przyszło na świat pierwsze w Polsce dziecko z zapłodnienia pozaustrojowego. W 1988 r. rozpoczął działalność Dziecięcy Szpital Kliniczny. W 1989 r. dokonano pierwszej w Białymstoku transplantacji nerki. W roku 1999 przekazano do użytku budynek Collegium Novum i powołano Oddział Pielęgniarstwa na Wydziale Lekarskim, z którego w 2003 r. utworzono Wydział Pielęgniarstwa i Ochrony Zdrowia. (obecnie Wydział Nauk o Zdrowiu).
W kolejnych latach powstało wiele nowych zakładów, klinik oraz samodzielnych pracowni.
Na początku roku akademickiego 2011/2012 oddano do użytku dwa nowe budynki dydaktyczno-naukowe Uczelni: Euroregionalne Centrum Farmacji i Centrum Dydaktyczno-Naukowe Wydziału Nauk o Zdrowiu. Historyczną datą stał się rok 2008. 22 marca weszła w życie ustawa o nadaniu Akademii Medycznej w Białymstoku nazwy Uniwersytet Medyczny w Białymstoku. Status Uniwersytetu jest odpowiedzią na wyzwanie obecnych czasów i odzwierciedla charakter kształcenia oraz poziom prowadzonych badań naukowych.