Zakład Higieny został utworzony w 1953 roku.
Pierwszym kierownikiem Zakładu został jeden z organizatorów uczelni prof. dr Kazimierz Rodziewicz (1953-1961).
Kolejnymi kierownikami Zakładu byli prof. dr hab. Bogdan Hofman (1961-1971) oraz prof. dr hab. Tadeusz Januszko (1971-1994), rektor uczelni w latach 1973-1974.
Zakład w 1993 roku zmienił nazwę na Zakład Higieny i Epidemiologii.
W trakcie kadencji prof. dr hab. Jana Karczewskiego (1994-2016) Zakład funkcjonował na utworzonym w 2003 roku Wydziale Pielęgniarstwa i Ochrony Zdrowia, którego prof. Karczewski był pierwszym dziekanem.
W 2016 roku Zakład, po przeniesieniu na Wydział Lekarski z Oddziałem Stomatologii i Oddziałem Nauczania w Języku Angielskim, zmienił nazwę na Zakład Higieny, Epidemiologii i Zaburzeń Metabolicznych, obecnie funkcję kierownika pełni dr hab. n. med. Agnieszka Błachnio-Zabielska.