Laboratorium Sars-CoV2 od środka

W tym roku nie obchodziliśmy świąt wielkanocnych. Byliśmy w pracy. Akurat wtedy mieliśmy nawał badań. Wszystkie były pilne. Nasze zmiany trwały wtedy po 30-35 godzin - opowiada dr hab. Joanna Reszeć, która zarządza największym w regionie laboratorium koronawirusowym.

Collegium Pathologicum - całkiem spory kilkupiętrowy budynek znajdujący się na prawo od wejścia głównego do Uniwersyteckiego Szpitala Klinicznego w Białymstoku. Co prawda akurat z tej strony obecnie szpital jest zamknięty, jednak nie zmienienia to faktu, że nie każdy potrafi ten budynek znaleźć. To w nim działa w nim Akademicki Ośrodek Diagnostyki Patomorfologicznej i Genetyczno- Molekularnej UMB (zarządza nim Fundacja UMB). To jedna z największych w kraju i największa w rejonie północno-wschodnim pełnoprofilowa placówka wykonująca badania: histopatologiczne, cytologiczne, śródoperacyjne, immunohistochemiczne i immunofuorescencyjne, ultrastrukturalne, z zakresu biologii molekularnej, autopsyjne. Działa tu też jedyny po tej stronie Wisły biobank onkologiczny.

To właśnie tu uruchomiono drugie w regionie laboratorium, w którym bada się próbki od osób podejrzanych o zakażenie wirusem Sars-CoV-2. Pierwsze takie laboratorium dwa tygodnie wcześniej, przy wsparciu specjalistów z Ośrodka, zaczęło działać w podlaskim Sanepidzie.

Start

Pierwsze próbki od pacjentów - było ich osiem - przebadano 30 marca.

Pierwsze dni działania laboratorium miały być przeznaczone na rozruch, wdrożenie się w pracę i rozwijanie ustalonych wcześniej procedur. Moce przerobowe początkowo określono na 300 przebadanych próbek na dobę. Potrzeby były jednak tak ogromne, że w zasadzie od razu laboratorium zaczęło pracować na poziomie przekraczającym maksymalne zdolności.

- Ten nasz szczyt możliwości uzyskaliśmy bardzo szybko, dużo szybciej niż zakładaliśmy. Pomogło nam to, że od razu wdrożyliśmy procedurę automatycznej izolacji kwasów nukleinowych - wspomina dr hab. Joanna Reszeć.

W normalnym okresie 90 proc. pracy laboratorium genomowego ośrodka to różnego rodzaju badania onkologiczne, głównie hematoonkologiczne oraz badania molekularne raka płuca. Badania wirusologiczne były wykonywane także, ale ich ilości były znacznie mniejsze w porównaniu do badań COVID-19. Obecnie wszystkie siły przerzucono do badań koronawirusowych. Procedury te stanowią obecnie ponad 95 proc. badań całego laboratorium genomowego ośrodka. Dalej wykonywane są także badania onkologiczne.

Samo laboratorium zajmuje trzy połączone ze sobą pomieszczenia (plus oddzielny sekretariat). Do tego trzeba doliczyć jeszcze najbliższe korytarze i pokoje, które są teraz magazynami na różne materiały potrzebne do pracy. 

Praca

Wszystkie próbki ze szpitali z regionu przynoszone są do punktu pobrań, znajdującego się na parterze budynku. Czasami jest ich tak dużo, że zajmują cały korytarz i sąsiednie pomieszczenia (próbki są zabezpieczone i obłożone suchym lodem oraz umieszczane w lodówce).

- Samo badanie najczęściej trwa ok. 6-8 godzin, wydłuża się, kiedy trzeba coś dodatkowo zweryfikować. Wynik najczęściej znany jest do 24 godzin po przysłaniu próbki - tłumaczy dr hab. Joanna Reszeć.

Praktyka pokazała, że największym problemem w wykonywaniu takich badań jest… transport odczynników. O ile te są dostępne na rynku, to problemem jest dowiezienie ich do laboratorium. Jeszcze miesiąc temu zamówienia takie realizowało się w kilka dni, dziś to co najmniej kilka tygodni.

Wielkanoc

Szczyt badań przypadł na okres tuż przed świętami wielkanocnymi i w trakcie ich trwania. To wtedy ekipa laboratorium, łącznie z sekretariatem, czy całym szefostwem, praktycznie nie wychodziła z pracy.

- W apogeum robiliśmy po 600 prób dziennie. Jak zmiana pracowników przychodziła do pracy rano, to wychodziła następnego dnia po południu, kiedy zakończyła swoją transzę badań. Robiliśmy wszystko, co się da, aby nie było przestojów. Wszystkie te badania były pilne. Przecież od nich zależało, jaka będzie decyzja odnośnie danego pacjenta czy lekarza. Czy będzie on poddany izolacji, czy nie. Czy lekarz będzie mógł iść do pracy, czy musi się poddać kwarantannie.

Z obserwacji natężenia pracy laboratorium wynika, że liczba próbek napływa do niego falowo. Przed świętami było ich 500-600 dziennie, w święta liczba ta spadła do 400-500, by tydzień pod świętach być na poziomie 200-300 prób na dzień. Dlatego w laboratorium trwają przygotowania do kolejnego szczytu.

- Ja się bardzo cieszę, bo w naszym laboratorium pracują ludzie idei. Ta praca to ich pasja. Oni wiedzą, dlaczego muszą pracować tak dużo i tak ciężko. Nawet dziewczyny z sekretariatu, które odpowiadają za część administracyjną badań, informowanie o wynikach, raportowanie do sanepidu, czy dzwonienie do lekarzy, też pracowały naprzemiennie po 24 godziny na dobę.

Największym zagrożeniem dla pracy laboratorium może być wycena takich badań, które w całości refunduje NFZ. Jeszcze w marcu wyceniał je na 450 zł, by na początku kwietnia zmienić tę stawkę na 400 zł. Pod koniec miesiąca ustalił ją na 280 zł. Realny koszt badania łącznie z odczynnikami, kosztami osobowymi oraz kosztami pośrednimi to 330 zł.

Zespół laboratorium

Dr n. biol. Oksana Kowalczuk, dr n. med. Natalia Wawrusiewicz-Kurylonek, dr n. med. Justyna Dunaj, dr n. med. Piotr Majewski, dr n. med. Anetta Sulewska, mgr Michalina Kryszczuk, mgr Anna Gutowska oraz zespół sekretariatu: Katarzyna Łapińska, mgr Patrycja Modzelewska, mgr Małgorzata Łukasik

Statystyka badań

Ponad 7500 badań próbek pod kątem wykrycia choroby COVID-19 wykonało w ciągu miesiąca laboratorium przy UMB.

Rekord ilości przebadanych próbek padł w okolicy świąt wielkanocnych, kiedy genetycy wykonali 700 badań w ciągu doby.

W ośrodku pracuje 18 specjalistów patomorfologów oraz 10 ekspertów z zakresu genetyki i cytogenetyki. Rocznie wykonują oni ok. 39 tys. badań histopatologicznych, 1000 badań śródoperacyjnych oraz 25 tys. innych badań dodatkowych. Diagnozowane są tu wszystkie typy nowotworów, w tym raki przewodu pokarmowego, tarczycy, prostaty, jajnika, płuca, oraz nowotwory OUN.

W ostatnim czasie ośrodek otrzymał m.in. prestiżowe certyfikaty: EMQN (The European Molecular Genetics Quality Network), na badania raka jelita grubego i czerniaka oraz nową licencję Polskiego Towarzystwa Patologów na najwyższy III stopień referencyjności wykonywania badań histologicznych, śródoperacyjnych, immunohistochemicznych, cytologicznych, sekcyjnych i biologii molekularnej.

Opr. bdc